El origen de la empresa actual se encuentra en 1896, cuando el español Federico Paternina compró tres bodegas en Ollauri, en la zona de Rioja. Entre ellos, el Conde de los Andes, que se remonta al siglo XVI. En 1920, Paternina adquirió una cooperativa en Haro, ampliando así su producción considerablemente. A partir de los años 40, los vinos comenzaron a exportarse a todo el mundo. En la década de 1960, la empresa tuvo crecientes dificultades y fue adquirida por la empresa Rumasa (propiedad de José Marea Ruiz Mateos). Pero los problemas de Paternina y también del nuevo propietario se hicieron aún mayores. Luego, a principios de la década de 1980, la empresa Rumasa, fuertemente endeudada, y con ella Paternina, fue adquirida por el gobierno español.
En una subasta, Paternina fue adquirida por Marcos Eguizábal Ramirez en 1985 por una sola peseta. Los comienzos fueron duros, por ejemplo, hubo que destruir 40.000 cajas de vino de mala calidad. En 1990 se puso en marcha una nueva bodega en Haro. A mediados de los años 90, los buenos productos habían recuperado la antigua reputación. Mientras tanto, el hijo de Marco, Carlos Eguizábal, trabajaba en la empresa. Finalmente, Paternina salió a bolsa en 1998. Por cierto, las Bodegas Franco Españolas también pertenecen a la empresa. Ya en 1994 se compró la empresa "Bodegas Internacionales" de Jerez, que poseía una serie de marcas tradicionales de jerez como Bertola, Díez Hermanos, Marqués de Mérito, Bertola y José Pemartín y Cia. Paternina comenzó a producir más jerez y brandy de Jerez y se convirtió en un productor líder. La producción de jerez se volvió a vender posteriormente.
La nueva bodega de Rioja está situada en la localidad de Haro, en el centro de la subzona de Rioja Alta. Sus propios viñedos cubren 100 hectáreas de vides, pero también compra uvas a gran escala a cooperativas y viticultores. Para la elaboración de los vinos se dispone de 50.000 barricas de barrica. La mayor cantidad de producción se compone de los crianzas "Banda Azul", "Banda Rojo" y "Banda Dorada" (70 a 80% Tempranillo, 10 a 20% Garnacha Tinta, 5 a 10% Mazuelo, hasta 5% Graciano). Los productos estrella son el Reserva "Viña Vial", así como los Gran Reservas "Federico Paternina" (65% Tempranillo, 15% Garnacha Tinta, 10% Graciano, 10% Mazuelo) y "Conde de los Andes" (80% Tempranillo, 10% Garnacha Tinta y 10% Mazuelo). En el año 2000 se inauguró una nueva bodega en el municipio de Quintana del Pidio, cerca de Pesquera de Duero, en la región de Castilla y León. Los viñedos de la D.O. Ribera del Duero abarcan 41 hectáreas de viñas en Quintana del Pidio, Gumiel de Mercado y en Gumiel de Izán. Está prevista una ampliación de 100 hectáreas. Los vinos se comercializan con la etiqueta Marqués de Valparaíso desde la añada 2004.
